Короткий ответ: нет, не видят.
Подробный ответ: глаз, как отдельный орган, имеет размерный минимум, за пределами которого он не сможет функционировать, и этот минимальный размер оказывается на порядок больше самого микроба. Помимо этого глаз состоит из множества клеток, а микробы обычно состоят из одной-единственной.
Даже если представить, что каким-то чудесным образом у микроба появятся крошечные глаза, то видеть он через них всё равно не сможет, так как для этого нужна нервная система, которая передавала бы импульсы для мозга. У микробов не может быть никакой нервной системы, поэтому и «подключить» глаза попросту некуда. Если же у микробов и она вдруг появится, то они в эту же секунду перестанут быть микробами, а станут кем-то другим, науке пока неизвестным.